研究の現状を定義したあとに、それと対比させる形で、いまなお残されている問題、いまこそ取り組むべき課題を説明します。
リサーチギャップとも言われるこのパートは、現状と理想的な状態の間のギャップがどこにあるのか？を宣言するためのパートです。
研究の背景・問題点では、以下を順に書きます。
１．研究計画を含む広い研究領域の一般的な説明、重要性（広い背景）
２．研究計画に関する狭い研究領域についての説明（狭い背景）
３．その分野でこれまでどのような取り組みがなされ、何が明らかにされてきたのか（他人の貢献）
４．こうした進展の中で申請者らはどこに貢献してきたか（自分の貢献）
５．これらの成果にも関わらず、いまだ解決されていない点は何か（問題点の指摘）（問い）
６．なぜそれはこれまで解決されてこなかったのか（理由）
７．なぜ解決すべき問題なのか（重要性）
８．どうすればその問題を解決できると考えたのか、その根拠は何か（アイデアと根拠）
９．そのアイデアを実行する上での障害は何か（研究の課題）（問い）
例えばこうです。
ウイルスはヒトの癌の15%~20%に関与すると考えられているため、ヒトの悪性腫瘍に関する共通メカニズムを明らかにするための重要なツールとなる。成人T細胞白血病・リンパ腫 (ATLL) の病因であるヒトT細胞白血病ウイルスI型 (HTLV‐1) はまさにそのようなウイルスであり、遺伝子発現や細胞増殖・アポトーシス、極性の決定を含む細胞内の重要な経路を調節する強力な腫瘍タンパク質Taxをコードしている。
長年の研究により、Taxを介したさまざまな細胞プロセスが明らかにされており、悪性腫瘍の形成メカニズムを明らかにするための有効なモデル系であることが証明されてきた[Smith et al., 1999; Tanaka et al., 2000]。Taxは細胞を形質転換し、種々のトランスジェニックマウスモデルで腫瘍を誘導することが示されており、申請者らも〇〇〇を〇〇〇することで、〇〇〇は〇〇〇であることを明らかにしてきた[Suzuki et al., 2000]。
しかし、こうした取り組みにもかかわらず、Taxが細胞を形質転換するメカニズムは十分に理解されていない。これまでに多数のTax変異体が生成され、それらの活性は主に細胞培養系で明らかにされてきたものの、利用可能なトランスジェニックモデルにおけるTax変異体の遺伝子導入位置やコピー数、発現レベルなどが多様であるため、Tax変異体の形質転換能の評価は困難であった。
この文章を例に、以下のポイントを見ていきましょう。
ポイント：具体的に何が問題なのかを明確にする
現状と対比させる
しかし、こうした取り組みにもかかわらず、Taxが細胞を形質転換するメカニズムは十分に理解されていない。…<中略>…Tax変異体の形質転換能の評価は困難であった
すでに、これまでにどんなアプローチで、どんな研究がなされてきて、その結果なにが言われている（明らかにされている）のかを整理し、研究の現状を明確にしてきました。この現状で何も問題が無いのであれば、新たに研究する必要はありません。
こうした努力にもかかわらず（努力する人が複数いるということは、それなりに多くの人が重要だと考えているということの傍証にもなります）、何がわかっていないのか・なされていないのかを次に指摘します。
ときどき、「本研究は非常に新規であり、何も明らかにされていない。」とだけ書いて、これまでの研究との関連を示さない人がいます。
しかし「問題点（≒わかっていなこと）」は白画用紙の塗り残しのようなものであり、すでに色が塗られた「わかっていること」が存在して初めて認識できるものですので、「これまでの研究で何が明らかになっているのか」で書いた内容と対比させる形で、
というように、△△△と〇〇〇を対比させつつ、何がわかっていて何がわかっていないのかを明確にします。
研究目的で扱う問題（や本研究の「問い」）よりも少し広い問題点を指摘する
背景における問題点で指摘する内容は、申請者個人の問題点ではなく、その研究分野・業界が抱える問題です。ですので、他に興味が持つ人がいないような狭い範囲のものではなく、もっと一般的で大きな問題です。
まずはなるべく大きな視点から問題を定義します（大きな問題）。続く本研究の「問い」で、申請者がその「大きな問題」のどの部分を扱うつもりなのかを定義します。これで問題は一回り小さくなりました（中くらいの問題）。しかし、まだ扱うには大きすぎるので、研究目的では本研究でどの問題を扱うのかを具体的に定義します（小さな問題）。そしてその小さな問題を解決するために、さらに小さな問題に分けて研究を進めます（研究計画の見出しに相当する最小単位の問題）。
このように、どのレベルでの話なのかによって、書くべき問題の大きさ様々ですが、基本的には大きい問題から小さい問題へと絞り込んでいきます。そのため、背景で扱う問題は大きめに設定しておくことがコツとなります。最初から具体的な問題を指摘してしまうとマニアックな印象になりかねず、また、その具体的な小さな問題がどのように大きな問題の解決につながりうるのかが見えてきません。
本研究で解決を目指す問題を指摘する
言い換えれば、問題点として指摘できる内容は、本研究計画において一定程度以上の解決が可能だと考えられる物に限ります。
このように「宇宙の果て」という問題点を持ち出すのであれば、宇宙の果てに行くことを目指すか、宇宙の果てを明らかにする以外の方法で〇〇〇を解決する、という内容を読み手は想定します。問題提起をした以上、本研究ではそれに関わることを扱う必要があります。回収されない伏線ほど気持ちの悪いものはありません。
こうしたことから、上級者は、何をするかをまず考え、そこから逆算して本研究で解決できる問題を考えることで、問題点の指摘と実際にすることをスムーズに接続しています。問題点からピンポイントで解決策を示すような思わず関心してしまうプレゼンなどはほぼこうした逆算で作られています（もっというと結果→アイデア・方法→問題点→背景と完全な逆算である場合が多いです）。話がスムーズになるように問題点を作るので、きれいな流れであるのは当然なのです。
